南京化粪池清理公司的主要业务有：化粪池清理、污水池清理、隔油池清理、沉淀池清理、河道清淤、清理清运等。

南京化粪池清理公司多年来承担着城区及其周边地区众多宾馆饭店、写字楼、机关、学校、物业公司等单位的化粪池、隔油池、污水井清掏、抽运，人工掏挖化粪池、隔油池、污水井（清井底）污水的清运工作。