ISO14001认证体系审核的有效性是一个成熟的审核员追求的目标和审核机构实力的体现。ISO14001审核过程中，根据导则62及EA110的规定分阶段和第二阶段，两个阶段审核侧重点的准确把握是ISO14001审核的有效性的重要保证之一。两个阶段在ISO14001审核过程中体现不同的层次和不同的侧重点，一阶段审核是二阶段审核的基础，通过一阶段的审核明确二阶段审核的重点的方向；二阶段审核是在一阶段审核基础上对体系运行所作出的全面、系统的评价。通过一阶段的审核，指出体系在策划方面、体系的基础性工作方面以及控制对象方面存在的不足之处，推动受审核方把握环境管理体系实施不偏离重点，为体系有效运行提供准确方向，同时也为审核机构进行第二阶段审核提供可行的条件。

　　两套标准的区别在于面向的对象不同，ISO9000标准是对顾客承诺，ISO14001标准是对、社会和众多相关方（包括股东、方、公司等等）;ISO9000标准缺乏行之有效的外部监督机制，而实施ISO14000标准的同时，就要接受、执法当局、社会公众和各相关方的监督。

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　　总之，阶段审核的是体系的总体策划情况，是体系基础性、方向性的审核。第二阶段审核的是体系的运行情况，只有策划有效、基础充分、方向无误的体系运行才有可能是有效的。两个阶段审核互相补充，不可替代，共同支撑保证审核的深度和有效性。因此，体系文件的符合性，环境因素识别的充分性，重大环境因素评价的适宜性，法律法规的符合性，法律法规相应内容识别的适宜性、组织机构的适宜性和充分性，重大环境因素控制条款的一致性，内审和管理评审的可信度和充分性等都是在一阶段审核的对象及评价的内容。把握以上内容审核，即把握住了阶段审核的侧重点，将为审核的有效性打下基础。