1997年3月，重庆直辖，划入原万县市、涪陵市和黔江地区管辖的区域。原重庆市辖11区3市7县：渝中区、江北区、沙坪坝区、九龙坡区、南岸区、大渡口区、北碚区、万盛区、双桥区、巴南区、渝北区；永川市、江津市、合川市；綦江县、长寿县、大足县、铜梁县、璧山县、潼南县、荣昌县。原万县市辖3区8县：龙宝区、天城区、五桥区，忠县、云阳县、巫山县、城口县、开县 、梁平县、奉节县、巫溪县。原涪陵市辖2区1市3县：枳城区、李渡区，南川市，垫江县、丰都县、武隆县。原黔江地区辖5自治县：彭水苗族土家族自治县、酉阳土家族苗族自治县、石柱土家族自治县、黔江土家族苗族自治县、秀山土家族苗族自治县。是年12月，重庆市调整行政区划。撤销万县市及其所辖的龙宝区、天城区、五桥区，设立万县区；龙宝区、天城区、五桥区改为龙宝管理委员会、天城管理委员会、五桥管理委员会；万县区辖龙宝、天城、五桥三个管理委员会。设立万县移民开发区，与万县区为一套机构两块牌子。原万县市所辖的忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县由万县移民开发区代管。城口县、梁平县由重庆市直接管理。撤销涪陵市及其所辖的枳城区、李渡区，设立涪陵区。原涪陵市所辖南川市、垫江县、丰都县、武隆县由重庆市直接管辖。撤销黔江地区。设立黔江开发区，代管原黔江地区的彭水苗族土家族自治县、酉阳土家族苗族自治县、石柱土家族自治县、黔江土家族苗族自治县、秀山土家族苗族自治县。至此，重庆直辖市辖13区4市23县，万县移民开发区代管忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县；黔江开发区代管彭水苗族土家族自治县、酉阳土家族苗族自治县、石柱土家族自治县、黔江土家族苗族自治县、秀山土家族苗族自治县。直接管理12区4市12县。

1998年5月，万县区改为万州区，万县移民开发区改为万州移民开发区。

2000年6月，撤销万州移民开发区、黔江开发区；撤销黔江土家族苗族自治县，设立黔江区；原万县移民开发区代管的忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县和原黔江开发区代管的彭水苗族土家族自治县、酉阳土家族苗族自治县、石柱土家族自治县、秀山土家族苗族自治县由重庆市直接管理。7月，万州区龙宝、天城、五桥三个管理委员会改为移民开发区。