XRF（X射线荧光）岩芯扫描仪最初设计用于快速、无损测定船上和岸上实验室的海洋底部沉积物的化学成分。海洋底部沉积物通常通过箱形岩芯、重力岩芯和活塞岩芯进行取样，并收集在塑料管中，然后将以长度剖开。XRF测量在分裂磁芯上进行。
例如，XRF核芯扫描仪能够在30分钟内以1厘米的样本分辨率对一米长的岩芯进行完整扫描。如果化学数据显示岩芯不包含某些预期信息或取芯时出现错误，则可以在同一区域取新岩芯。

岩芯扫描仪配备有一个电动门，可通往岩芯装配系统。堆芯装配系统可以借助机械系统调整分裂岩芯的位置。 XRF分析方法需要将X射线源和检测器准确定位在沉积物表面上方。因此，即使岩心切割得不太均匀，计算机控制的系统也可以准确地定位岩心和仪器。
精确的XRF分析的要求是水平面。但是，除了分裂的沉积物芯外，其他样品架也可以在扫描仪中安装和测量。例如，可以很容易地测量显微镜玻璃上的样品。